Difícil de atropellar y de convencer. Lento en sus decisiones (el periodismo popularizó la imagen del presidente como "tortuga") pero firme en adoptarlas y mantenerlas. El dilema en el que basó su gestión presidencial estuvo en el mismo punto de partida: la irregularidad del proceso que marginaba legalmente al peronismo que, a través de distintas expresiones, mantenía su peso en el Congreso.
No era un Poder Legislativo con el que la gestión radical pudiera contar como punto de apoyo a su gestión: no tenía mayoría en Diputados y agrupaciones de peronistas que adoptan nombres diferentes gobernaban casi la mitad de las provincias.
Si la debilidad política fue un rasgo, las decisiones como la de lograr la sanción de una ley de medicamentos que estrechó el campo de acción de los laboratorios (Arturo Oñativa, su ministro de Asistencia Social y Salud Pública, dejaría su nombre impreso a la norma) o la imposición del salario mínimo vital y móvil, le darían después justificación al cometido emprendido. Durante su gobierno también fueron anulados los contratos petroleros suscriptos en tiempos de Frondizi a los que consideró perjudiciales para el país.
Esto provocó algunas divergencias con Estados Unidos. Pero no fueron las únicas: Illia también se negó a enviar tropas para participar junto a los soldados estadounidenses que habían desembarcado en República Dominicana (contra el presidente Juan Bosch). Illia tuvo pleitos profundos con las fuerzas sindicales que no dudaron en aplicar un plan de lucha -huelga con toma de fábricas- dispuesto por la CGT al comienzo de 1964, año que finalizaría con el frustrado Operativo Retorno de Juan Domingo Perón.
El entonces presidente escuchó a los gruesos contingentes que recibieron en octubre a Charles De Gaulle, que incluían a manifestantes que gritaban a su paso: "Perón, De Gaulle, un solo corazón".

Una serie de conflictos castrenses llevaron al derrocamiento de Illia. A las 5 de la mañana del 28 de junio de 1966, el general Julio Alsogaray, hermano de Alvaro, entró a la Casa Rosada para anunciar la destitución del Presidente. "Soy el comandante en jefe de las Fuerzas Armadas y usted un vulgar faccioso que usa sus armas y sus soldados desleales para violar la ley", le dijo Illia que se obstinó en permanecer en su cargo. Pero después de dos horas de discusiones, a las 7.25, tuvo que abandonar la Casa Rosada. Lo hacía con la misma calma con la que había llegado una mañana de sol de 1963. Lo reemplazaba el general Juan Carlos Onganía.
En 1982, poco antes de morir, formó parte de la Multipartidaria, reunión de partidos para lograr la salida democrática frente a la crisis de la última dictadura militar.

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