Favaloro volvió a su país en 1971, con el sueño de desarrollar un centro de excelencia similar al de la Cleveland Clinic, que combinaba la atención médica, la investigación y la educación. Con ese objetivo se creó la Fundación Favaloro en 1975. Desde entonces, más de 400 residentes se han formado bajo su supervisión. Los innumerables cursos, seminarios y congresos organizados por la Fundación, entre los que se destaca "Cardiología para el Consultante" -que tiene lugar cada dos años-, contribuyeron a elevar el nivel de la especialidad para beneficio de los pacientes.

En 1980 el doctor Favaloro creó el Laboratorio de Investigación Básica que, en ese entonces, dependía del Departamento de Investigación y Docencia de la Fundación Favaloro. Con posterioridad, pasó a ser el Instituto de Investigación en Ciencias Básicas del Instituto Universitario de Ciencias Biomédicas, que, a su vez, dio lugar, en agosto de 1998, a la creación de la Universidad Favaloro. En la actualidad dicha Universidad consta de una Facultad de Ciencias Médicas, donde se cursan dos carreras de grado -medicina (iniciada en 1993) y kinesiología y fisiatría (iniciada en el año 2000)- y una Facultad de Ingeniería, Ciencias Exactas y Naturales, donde se cursan tres carreras de ingeniería (iniciadas en 1999).
Por su parte, la Secretaría de Posgrado desarrolló 28 cursos, maestrías y carreras de especialista. La investigación abarca más de treinta campos en los que trabajan profesionales de distintas disciplinas -medicina, biología, veterinaria, matemática, ingeniería, etc.- en colaboración con los centros científicos más importantes de Europa y Estados Unidos. Se publicaron más de cien trabajos en revistas especializadas de nivel internacional.

En 1992 se inauguró el Instituto de Cardiología y Cirugía Cardiovascular de la Fundación Favaloro en Buenos Aires, entidad sin fines de lucro. Con el lema "tecnología de avanzada al servicio del humanismo médico" se brindan servicios altamente especializados en cardiología, cirugía cardiovascular y trasplante cardíaco, pulmonar, hepático y renal. El doctor Favaloro concentró allí su tarea, rodeado de un grupo selecto de profesionales. Desde su inauguración se realizaron más de 347.725 consultas, 273.276 estudios no invasivos, 19.262 cateterismos, 5.894 cateterismos terapéuticos, 470 trasplantes y 20.174 cirugías. También se hace gran hincapié en la prevención. Con ese objetivo se desarrollaron estudios, diversidad de programas y se han hecho varias publicaciones para el público en general a través del Centro Editor de la Fundación Favaloro.

El doctor Favaloro fue miembro activo de 24 sociedades, correspondiente de 4, y honorario de 42. Recibió innumerables distinciones internacionales entre las que se destacan: el Premio John Scott 1979, otorgado por la ciudad de Filadelfia, EE.UU; la creación de la Cátedra de Cirugía Cardiovascular "Dr René G. Favaloro" (Universidad de Tel Aviv, Israel, 1980); la distinción de la Fundación Conchita Rábago de Giménez Díaz (Madrid, España, 1982); el premio Maestro de la Medicina Argentina (1986); el premio Distinguished Alumnus Award de la Cleveland Clinic Foundation (1987); The Gairdner Foundation International Award, otorgado por la Gairdner Foundation (Toronto, Canadá, 1987); el Premio René Leriche 1989, otorgado por la Sociedad Internacional de Cirugía; el Gifted Teacher Award, otorgado por el Colegio Americano de Cardiología (1992); el Golden Plate Award de la American Academy of Achievement (1993); el Premio Príncipe Mahidol, otorgado por Su Majestad el Rey de Tailandia (Bangkok, Tailandia, 1999).

Desde siempre sostuvo que todo universitario debe comprometerse con la sociedad de su tiempo y recalcó: "quisiera ser recordado como docente más que como cirujano". Por esa razón, dedicó gran parte de su tiempo a la tarea docente. Un ejemplo fue su participación en programas educativos para la población, entre los que se destaca la serie televisiva Los grandes temas médicos, y las numerosas conferencias que presentó en la Argentina y en el exterior, sobre temas tan diversos como medicina, educación y la sociedad de nuestros días. Publicó "Tratamiento quirúrgico en arterioesclerosis coronaria" (1970), "Recuerdos de un médico rural" (1980); "De La Pampa a los Estados Unidos" (1993), "Don Pedro y la Educación" (1994), "Conversaciones sobre tica y Salud" (1997), "Recuperando lo invisible: conversaciones sobre cultura "(1998) además de 363 trabajos de su especialidad. Su pasión por la historia lo llevó a escribir dos libros de investigación sobre el general San Martín: "¿Conoce usted a San Martín?" (1987) y "La Memoria de Guayaquil" (1991).

Una crisis de índole personal y económica ligada al mantenimiento de su Fundación, lo llevó a tomar la penosa decisión de suicidarse en 2000 cuando aun tenía mucho por aportar a su país.

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